Le Kenya est loué pour son impact sur le génome de Covid

PERSONNEL D’ADF

Les scientifiques kényans font partie de ceux qui ont séquencés rapidement les variants de SARS-CoV-2 au cours des deux dernières années, ce qui illustre les capacités scientifiques du continent.

Les scientifiques de deux laboratoires kényans, l’International Livestock Research Institute (ILRI) et le programme KEMRI-Wellcome Trust Research, sont parmi les 300 chercheurs africains qui ont été reconnus dans une étude publiée récemment dans le journal Science.

Le Dr Samuel Oyola, scientifique principal de l’ILRI et spécialiste en génomique et biologie moléculaire, a déclaré que les données ont été utilisées pour traquer les variants du SARS-CoV-2 qui se propagent au Kenya et sur le continent.

« Cela a aidé les responsables de la santé publique à surveiller la dynamique de la transmission et à développer des mesures réfléchies pour contrôler la propagation du virus en temps réel », a-t-il dit au journal kényan The Star.

« L’ILRI joue un rôle crucial pour développer la capacité africaine de préparation et de réponse à la pandémie grâce à nos technologies moléculaires et génomiques avancées. »

L’étude publiée le 15 septembre a pour titre : « L’évolution de l’épidémie du SARS-CoV-2 en Afrique : réflexions provenant de la surveillance génomique en expansion rapide. »

Avec plus de 300 auteurs, elle englobe le plus vaste groupe de scientifiques et d’institutions de santé publique d’Afrique qui ont travaillé ensemble pour soutenir la réponse au Covid basée sur les données.

« L’ILRI se félicite d’avoir créé un partenariat avec un groupe si impressionnant de scientifiques », a déclaré le Dr Oyola.

Au début de la pandémie, moins de quinze pays africains possédaient l’infrastructure nécessaire pour séquencer les génomes. Aujourd’hui, 39 pays possèdent leurs propres installations de séquençage.

En date de septembre, 52 pays africains avaient déposé des génomes de Covid dans GISAID, le référentiel en ligne qui contient la plus grande base de données numériques sur les séquences de coronavirus.

Les scientifiques africains ont collaboré pour analyser plus de 100.000 génomes.

Yeri Kombe, directeur général de KEMRI, a déclaré : « Le succès du séquençage du nouveau coronavirus SARS-CoV-2 au Kenya est un jalon important de la riposte à la pandémie, au Kenya et dans le monde entier. »

« Ceci renforcera la surveillance pour traquer les mutations du virus et aider à identifier les sources d’infection dans les communautés. »

Au milieu du désastre provoqué par la pandémie de Covid-19, la capacité de l’Afrique à conduire des recherches scientifiques a augmenté énormément et a gagné une appréciation internationale.

Ceci est particulièrement évident dans le domaine de la surveillance des pathogènes et du séquençage génomique, selon l’étude.

« Une combinaison de stratégies pour le séquençage local, la mise en commun des ressources collaboratives entre les pays africains et le séquençage avec des collaborateurs académiques hors du continent a aidé à combler les lacunes de la surveillance, écrivent les auteurs. Les pays de l’Afrique subsaharienne, en particulier en Afrique australe et en Afrique de l’Est, ont le plus bénéficié des réseaux de séquençage régionaux. »

Depuis le début 2020, les scientifiques ont développé agressivement leur capacité à détecter efficacement les variants du coronavirus et à y répondre, dans l’intérêt du continent et du monde entier.

Grâce au leadership des Centres africains pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC africains), un investissement à hauteur de 100 millions de dollars a aidé à créer un réseau continental de collaborateurs appelé l’Initiative de la génomique des pathogènes en Afrique (PGI Afrique).

Le Dr Nicksy Gumede-Moeletsi, virologue régional pour l’Afrique de l’Organisation mondiale de la santé, est émerveillé par les travaux de PGI Afrique.

« La région a créé un mécanisme coordonné pour soutenir et renforcer ces gains », déclare-t-il.

« [Elle] a établi trois centres d’excellence pour la surveillance génomique, développé des documents d’orientation normalisés, offert le développement des capacités pour le personnel des ministères de la Santé et créé une infrastructure de laboratoire pour la surveillance génomique de routine des pathogènes, y compris la surveillance des eaux d’égout. »

John Nkengasong, ancien directeur des CDC africains, est fier de constater que son objectif déclaré du séquençage de 100.000 génomes avant la fin 2022 a été atteint plusieurs mois à l’avance.

Mais il y a beaucoup de travail qui reste à faire.

« Sommes-nous arrivés ? Non », dit-il au magazine Nature. « Notre but est que le plus grand nombre possible de pays africains soient capables d’effectuer localement le séquençage et communiquer les données en temps réel. »

« Comme pour beaucoup d’autres choses sur le continent, il faut donc du temps pour bâtir l’infrastructure, les institutions et les réseaux. Mais encore une fois, je suis vraiment stupéfait de voir la vitesse à laquelle ce réseau particulier, l’Initiative de la génomique des pathogènes en Afrique, s’est développé. »