Les toutes dernières générations d’Omicron provoquent une vague rapide mais moins létale en Afrique du Sud

PERSONNEL D’ADF

Alors que prend fin la cinquième vague d’infections de Covid-19 en Afrique du Sud, les chercheurs tirent une leçon clé de cette expérience : les nouvelles sous-lignées d’un variant peuvent propager l’infection aussi bien que des variants entièrement nouveaux.

La cinquième vague sud-africaine qui est arrivée et a pris fin en quelques semaines était due aux souches BA.4 et BA.5 du variant Omicron de Covid. C’est le Botswana et l’Afrique du Sud qui ont signalé la première souche d’Omicron en novembre 2021.

Au cours des mois qui ont suivi, la décision de l’Afrique du Sud visant à abandonner essentiellement toutes les restrictions pandémiques ont permis à Omicron de se propager dans la population. La transmission de Covid-19 conduit à de nouvelles versions lorsque le virus subit des mutations en passant d’un hôte au suivant.

BA.4 et BA.5 sont désignées ainsi parce qu’elles sont les quatrième et cinquième branches génétiques issues du variant Omicron initial. BA.4 s’est manifestée dans la province du Limpopo en janvier. BA.5 est apparue dans la province du KwaZulu Natal en février.

Les deux souches se sont répandues rapidement dans la population sud-africaine : elles représentaient 1 % des tests de dépistage en début d’année (BA.4) et 20 % à la fin avril (BA.5). À la fin mai, les deux représentaient ensemble 90 % des échantillons de dépistage. Les plus fortes concentrations se sont manifestées dans les provinces fortement peuplées du Gauteng et du KwaZulu Natal.

Les recherches montrent que BA.4 et BA.5 ont les mêmes mutations de péplomère qui permettent au virus d’« ouvrir » et d’infecter les cellules saines. L’une de ces mutations était aussi présente chez le variant Delta.

Les Centres africains pour le contrôle et la prévention des maladies ont signalé la présence des variants Omicron dans 48 pays membres depuis le début de l’année.

Bien que plus de 95 % des Sud-Africains possèdent une certaine immunité à Covid, BA.4 et BA.5 se sont avérées capables de la contourner. La baisse d’immunité pourrait être une raison pour le nombre croissant d’infections par BA.4 et BA.5, selon Houriiya Tegally, bio-informaticienne au Centre pour la réponse et l’innovation épidémiques d’Afrique du Sud et auteur principale d’une étude sur les nouvelles sous-lignées.

« Tout le monde pensait que seuls les nouveaux variants pouvaient provoquer de nouvelles vagues, mais nous constatons en ce moment qu’Omicron peut le faire », a-t-elle déclaré au magazine Nature.

Le Dr Katelyn Jetelina écrit dans un blog appelé « Your Local Epidemiologist » (Votre épidémiologiste local). Elle a décrit le passage de la souche initiale d’Omicron à la situation actuelle où BA.4 et BA.5 sont prédominantes dans « le combat d’Omicron ».

Bien que l’Afrique du Sud ait mené ce combat en début d’année, d’autres pays, notamment les États-Unis et le Portugal, sont maintenant engagés, écrit-elle dans sa circulaire appelée Substack.

« BA.4/5 ont une aptitude particulière pour échapper aux anticorps et réinfecter les gens qui avaient été infectés par Omicron auparavant. »

À cause des différences dans le degré d’immunité de la population et les efforts de santé publique, l’impact de BA.4 et BA.5 pourrait différer fortement de l’expérience de l’Afrique du Sud, selon elle.

En Afrique du Sud, BA.4 et BA.5 ont produit un nombre beaucoup plus faible d’infections, d’hospitalisations et de décès comparé à toute version précédente de Covid. C’est la continuation d’une tendance apparue lorsque le variant Bêta s’était manifesté à la fin 2020 : chaque vague successive a été plus faible que la précédente.

Ceci dit, les études d’Omicron montrent qu’il est aussi létal que tout autre variant pour ceux qui n’ont pas d’immunité.

En outre, BA.4 et BA.5 ont une aptitude environ quatre fois plus grande que les autres souches d’Omicron pour surmonter la résistance créée par l’immunité naturelle ou acquise, selon les chercheurs de l’université Columbia.

« Ces nouveaux sous-types d’Omicron ont été détectés dans le monde entier, mais à des niveaux faibles pour le moment, écrivent les chercheurs. Toutefois, leurs trajectoires de développement aux États-Unis et en Afrique du Sud indiquent un avantage de transmission important qui conduira probablement à une expansion additionnelle. »