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L’Afrique accroît sa capacité de recherche génomique pour combattre le Covid-19

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PERSONNEL D’ADF

Dans leur lutte contre le Covid-19, les responsables de la santé publique déclarent que l’amélioration de la capacité de surveillance génomique en Afrique est cruciale pour comprendre l’ennemi et le vaincre.

Si les hôpitaux et les agents de santé sont en première ligne dans la lutte contre la pandémie, les laboratoires et les chercheurs génétiques en sont les officiers de renseignement, qui analysent les données entrantes et prédisent les futures actions du virus pour que les systèmes de santé publique soient préparés.

Lorsque la pandémie a commencé au début 2020, les systèmes de santé africains se sont rapidement retrouvés profondément sous-équipés et avec des effectifs insuffisants pour confronter un virus qui avance et change rapidement.

La surveillance génomique utilise des ordinateurs performants et d’autres outils pour analyser le matériel génétique dans les échantillons de virus du Covid-19. Le processus peut identifier des différences subtiles dans la composition génétique, ce qui permet aux scientifiques de reconnaître la présence des nouveaux variants potentiellement virulents dans la population.

La surveillance génomique est en partie une question de chiffres : plus les chercheurs recueillent et séquencent les échantillons, plus il est probable que les agents de santé pourront stopper les épidémies avant qu’elles ne se manifestent.

Au début de la pandémie, l’Afrique avait seulement une poignée de laboratoires capables de conduire une recherche génomique. L’un d’eux, le Centre africain d’excellence pour la génomique des maladies infectieuses à Ede (Nigeria), a décelé le premier cas de Covid-19 en Afrique subsaharienne en mars 2020.

Près de deux ans plus tard, l’Afrique fait toujours face à un manque de laborantins formés et à une capacité technique insuffisante pour effectuer une surveillance génomique.

Afin de surmonter ces carences, les Centres africains pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC africains) et le bureau régional africain de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) développent un système continental de laboratoires qui peut traquer le virus du Covid-19, identifier ses changements génétiques et aider les agents de santé à le maintenir sous contrôle.

Avec ces labos, les deux agences ont lancé des programmes de surveillance communautaire conçus pour accroître les tests de dépistage au-delà des hôpitaux afin de localiser les foyers d’infection et réagir rapidement pour les empêcher de se propager. Les données recueillies avec les tests seront fournies au système de surveillance génomique.

En octobre 2020, les CDC africains ont reçu 100 millions de dollars pour intensifier la recherche génomique des pathogènes sur le continent au cours des quatre prochaines années. L’OMS dépense 4,5 millions de dollars pour créer un nouveau Centre d’excellence pour les tests génomiques au Cap (Afrique du Sud).

Les CDC africains ont créé leur Institut pour la génomique des pathogènes en 2019, quelques mois avant la première identification du Covid-19 en Chine. L’institut a été établi pour soutenir les instituts nationaux de santé publique avec le séquençage.

Lors d’une réunion à Dakar (Sénégal) au début novembre, les CDC africains ont certifié des représentants de 16 pays pour la conduite de la surveillance génomique.

« Nous avons augmenté rapidement le nombre de pays qui pourront effectuer le séquençage génomique du virus », écrit le Dr John Nkengasong, directeur des CDC africains, dans un article du journal Cell.

D’autres chercheurs sont formés en génomique pathogène au Centre pour la réponse et l’innovation épidémiques (CERI) à Durban (Afrique du Sud). Le Dr René Essomba, chef de l’unité génomique au ministère de la Santé du Cameroun, est l’un des chercheurs formés par le CERI.

« Auparavant, nous avions l’habitude d’envoyer nos échantillons à l’étranger pour effectuer leur séquençage, dit-il dans une interview avec CERI. Maintenant, nous allons commencer à effectuer nos propres séquences génomiques. Ceci augmentera le temps de rotation pour que nous puissions avoir une surveillance en temps réel des variants au Cameroun. »

Les efforts visant à développer la surveillance génomique en Afrique portent leurs fruits. Au début de la pandémie, le continent séquençait 5.000 échantillons de Covid-19 dans 23 pays. En date de la mi-novembre, ces chiffres sont passés à plus de 53.600 échantillons dans 53 pays.

Ceci est toujours environ 1 % de toutes les séquences mondiales, mais les chiffres sont en hausse. L’Afrique du Sud reste le pays dominant, en produisant 43 % des séquences.

L’OMS estime que, puisque les épidémies de maladie font perdre à l’Afrique 800 milliards de dollars en terme de productivité chaque année, la poussée pour développer la surveillance génomique en Afrique concerne aussi des maladies autres que le Covid-19.

Ces mêmes labos pourront fournir des connaissances cruciales sur toutes les 140 épidémies de maladie enregistrées sur le continent chaque année, depuis la maladie du charbon et le chikungunya jusqu’à la rougeole et la fièvre de la vallée du Rift, selon le Dr Seth Inzaule, expert des CDC africains. La recherche génomique a aidé à vaincre l’épidémie d’Ebola de 2014 à 2016 en Afrique de l’Ouest.

« La pandémie du Covid-19 a révélé que l’Afrique nécessite un nouvel ordre de santé publique qui soit résilient, adaptable et résistant aux menaces de maladie du 21ème siècle », a déclaré le Dr Nkengasong lors d’une conférence de presse récente.

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